В файле /local/templates/s1/components/bitrix/catalog.item/custom/script.js найти вызов попапа this.obPopupWin.show(); на строках примерно 2503 и 2619, закомментировать и добавить свой скрипт, например, document.querySelector('#modal').classList.add('view');
Если используется стандартный попап и нужно добавить событие на скрытие и показ скролла при добавлении товара, тогда в /local/templates/s1/components/bitrix/catalog.item/custom/script.js в конце фукции basketResult надо добавить BX.addClass(document.querySelector('body'), 'hide'); this.closePopup();, а в конце под функцией initPopupWindow, добавить 
Пример кодаclosePopup: function()
{
	document.querySelectorAll('.popup-window').forEach(function(popup) {
		popup.querySelectorAll('.btn.btn-primary.btn-buy.btn-sm')[1].addEventListener('click', function () {
			BX.removeClass(document.querySelector('body'), 'hide');
		});
		popup.querySelector('.popup-window-close-icon').addEventListener('click', function () {
			BX.removeClass(document.querySelector('body'), 'hide');
		});
	});
	document.querySelectorAll('.popup-window-overlay').forEach(function(popup) {
		popup.addEventListener('click', function () {
			BX.removeClass(document.querySelector('body'), 'hide');
		});
	});
}