Как альтернативу, использовал такую манипуляцию:
Пример кода<?
define('NO_KEEP_STATISTIC', true);
define('BX_NO_ACCELERATOR_RESET', true);
define('NOT_CHECK_PERMISSIONS',true);
require_once $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] . '/bitrix/modules/main/include/prolog_before.php';
CModule::IncludeModule('search');
CModule::IncludeModule('catalog');
$res = CSearch::ReIndexAll(true);
echo 'Проиндексировано элементов: ', $res;
?>