Для устранения конфликта необходимо перейти в раздел Менеджер файлов, выделить корневую папку сайта в которой лежит скрипт bitrixsetup.php и раскрыть атрибуты. В атрибутах проставить все галочки на правах, чтобы права доступа стали 777.
Ошибка "Внимание! PHP не имеет прав на запись в корневую папку..." при установке 1С-Битрикс